So ich hab mir das mal angesehen mit 2 einfachen quadern.
und es geht ist nur etwas mehr aufwand.
so betrachten wir mal das erste bild

trotz boolean geht die fläche über alles auch über das loch. das loch scheint nur durch die andere form so zu wirken als das man durchschauen kann. also hab ich zuerstmal den befehl
mesh>triangulate ausgeführt.
dann ergibt sich folgendes ergebnis.

die markierten edges solltest du dann ebenfalls löschen sonst ergibt bevel auch ein komisches ergebnis.
mesh>quadringulate funktioniert aber nicht da ja für maya die fläche schon ein quad ist. darum erstmal triangulieren und dann die überflüssigen edges löschen.
und dann kannst du die kanten am rand markieren und beveln

und wie du siehst dann klappt es.
fazit boolean ist eine unsaubere operation und man sollte sie meiden wenn möglich. bei 2 einfachen quader ist es noch einfach das mesh zu cleanen aber bei komplexeren objekten sollte man sich wohl einen anderen weg überlegen.
gruß bear ich hoffe das dir das weiterhilft